農村金融存量改革是農村正規(guī)金融組織適應農村金融市場需要而持續(xù)進行的帕累托改進，其目的農村金融現(xiàn)狀是盤活農村金融資源存量，農村金融現(xiàn)狀激活農村正規(guī)金融的資本活力，從而在服務“三農”與自我發(fā)展之間找到最優(yōu)解。

為了更好地適應農村金融外部環(huán)境的變化，農村信用社及時調整了改革的方向和思路，從合作制轉向以商業(yè)化為導引，以股份制為核心，農村金融現(xiàn)狀以建立現(xiàn)代金融產權為目的的改革思路。新世紀以來的農村信用社改革思路早在2002年中央出臺的《關于進一步加強金融監(jiān)管，深化金融企業(yè)改革，促進金融業(yè)健康發(fā)展的若干意見》中就已初步形成，指出“農村信用社改革的重點是明確產權關系和管理責任”。2003年，以《國務院關于印發(fā)深化農村信用社改革試點方案的通知》為標志的，以“明晰產權關系，強化約束機制，增強服務功能，國家適當支持，地方政府負責”為總要求的農村信用社改革正式啟動，決定在縣聯(lián)社的基礎上成立省級聯(lián)社。按照《方案》的要求，農村金融現(xiàn)狀選擇了吉林等8個省市作為農村信用社改革的試點單位。并在2004年的《關于進一步深化農村信用社改革試點的意見》中把試點單位覆蓋到北京等21個省市。隨著2006年海南省農村信用社改革試點正式啟動，中國農村信用社改革具有了全國意義。

這一時期的農村金融改革主要有兩個方面的特征。一方面，重新理順了農村信用的歸口關系，把農村信用社的管理權由中央銀行系統(tǒng)轉移到省級政府手中，農村金融現(xiàn)狀成立省級聯(lián)社，由省聯(lián)社領導和管理基層農村信用社，由銀監(jiān)會和人民銀行共同監(jiān)管。另一方面，以深化農村信用合作社產權為核心，農村金融現(xiàn)狀通過增資擴股等方式壯大信用社規(guī)模，因地制宜地選擇股份制、股份合作制和合作制等多元產權形式，完善農村信用社的法人治理結構。隨著2003年中國首家股份合作制銀行——寧波鄞州農村合作銀行誕生，中國農村信用社產權改革正式進入法人治理軌道。