中國的三板市場起源于2000年的“股權(quán)代辦轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)”。2000年時，為了解決主板市場退市公司與兩個已停止交易的法人股市市場公司的股份轉(zhuǎn)讓問題，由中國證券協(xié)會出面，新三板創(chuàng)新協(xié)調(diào)部分證券公司設(shè)了代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，新三板創(chuàng)新即“三板”市場。由于新三板創(chuàng)新在“三板”中掛牌的股票品牌較少，且多數(shù)質(zhì)量較低，新三板創(chuàng)新想要轉(zhuǎn)到主板上市難度極大，因此，很難吸引到投資者，三板市場也因此而多年受冷落。目前，三板市場包括了三類企業(yè)股：①歷史遺留問題公司，主要指從STAQ、新三板創(chuàng)新NET法人股市場轉(zhuǎn)過來的股票；②因為連年虧損、走投無路而被迫從主板上摘牌的企業(yè)；③2006年初，國家批準中關(guān)村科技園區(qū)的高科技企業(yè)在三板市場進行交易后掛牌的企業(yè)。前兩類企業(yè)目前被統(tǒng)稱為“老三板”，而第三類即為“新三板”的雛形。新三板的推出，是政府為了給改變中國資本市場這種柜臺交易過于落后的局面，同時也為了給更多的高科技成長型企業(yè)提供股份流動的機會，故于2006年1月16日在北京中關(guān)村科技園區(qū)內(nèi)建立了新的股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，被正式稱為“新三板”層轉(zhuǎn)板。

雖然2006年年初才正式推出新三板，但實際上的策劃與籌備是在2003年年底便開始的，在正式推出時，新三板的全稱為“中關(guān)村科技園區(qū)非上市股份有限公司進入證券公司代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)進行股份轉(zhuǎn)讓試點”。新三板正式推出后的第七天，即2006年1月23日，中關(guān)村“世紀瑞爾”與“北京中科軟”兩家高新技術(shù)企業(yè)進入了代辦股份系統(tǒng)掛牌交易，這也標志著新三板市場的正式形成。在當時，新三板的各項內(nèi)容都在探索階段，再加上科技園區(qū)、企業(yè)性質(zhì)、融資功能以及投資者身份等多項限制與宣傳力度不足，且覆蓋面僅局限于北京中關(guān)村科技園一個特定區(qū)域內(nèi)等多項原因，市場對新三板的認識度不足。這使得在新三板推出以后的長達六年的時間里，其掛牌企業(yè)數(shù)量都較少，這就導致了融資交易的不夠活躍。

為了進一步提升新三板服務(wù)中小企業(yè)的直接融資功能，同時也為了進一步完善多層次資本市場體系，2012年8月3日，中國證券會宣布，擴大非上市股份公司股份轉(zhuǎn)讓試點，并新三板創(chuàng)新相繼與北京、上海、天津、湖北四地的政府簽署了擴大新三板試點的合作備忘錄。至此，除中關(guān)村科技園區(qū)以外，上海張江高科技園區(qū)、天津濱海高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)、武漢東湖新技術(shù)開發(fā)區(qū)等四個高新技術(shù)園區(qū)的企業(yè)，皆可以在新三板掛牌報價轉(zhuǎn)讓。在試點期間，擴大園區(qū)后的2012年后半年成為新三板最活躍的一年。截至2012年12月31日，新三板創(chuàng)新共計207家中小企業(yè)掛牌新三板；僅2012年便有105家掛牌——新三板正式贏得了公眾的關(guān)注。